众所周知，从土壤中提取DNA已非易事，而想从中再提取RNA可说是难上加难。DNA不容易提取是因为本身土壤中富集的材料就少，提取过程相对复杂，造成操作损失；而RNA不容易提取除了以上所提到的原因外，还有一个很关键的原因——无处不在的RNA酶，对RNA的稳定存在构成极大威胁。另外还有一点就是土壤中某些物质的微量残留都会影响到科研人员后期PCR反应。这就是目前国际国内市场中土壤RNA提取产品不多的原因。
    因此要想对土壤RNA有较好的提取效果，我们就必须知己知彼，既要对研究对象（土壤）熟知，又要对研究工具（试剂盒）熟悉。
土壤中重要物质腐殖质
土壤除了为陆生植物提供营养源和水分之外，还是植物生长，进行光合作用、能量交换的主要场所；同时也具有微生物生长繁殖所需要的一切营养物质及各种条件，是微生物良好的生活场所，有“微生物的天然培养基”之称。因此土壤是一种重要的环境要素。
简单说，土壤是由固相（矿物质、有机质）、液相（土壤水分或溶液）和气相（土壤空气）三相物质四种成分有机地组成。而所有这些组成在土壤微生物的存在下却能形成一种对作物生长有利，对科研人员非常不利的物质——腐殖质。污泥中也不例外，同样有腐植酸和富里酸存在。
腐殖质是由一些异养的微生物，如某些腐生细菌，把土壤中的动、植物残体和有机肥料分解，与矿物质颗粒紧密结合在一起而形成的一种黑色的胶状物质，是土壤有机质的主要类型，一般占土壤有机质总量的85—90％以上。腐殖质既含有氮、磷、 钾、疏、钙等大量元素，还有微量元素；另外在分解过程中还会产生腐殖酸、有机酸、维生素及一些激素等。在水体中，腐殖质主要指腐殖酸和富里酸。实验证明，微量腐殖酸或富里酸的存在就会导致PCR的失败！这在众多公司的提取试剂盒中都有相应说明。
再加上近期土壤污染（肥料、农药等）的存在，因此导致提取对象成份非常复杂，提取难度也就可想而知。有的公司产品即使有少量的RNA提出，也会造成科研人员后期的实验不顺畅，这样的例子已司空见惯。下面是一组污染土壤和造成污染原因的图片。